François Xavier Nguyên Van Thuân naît le 17 avril 1928 à Phu Cam, une très ancienne paroisse de Huê (Vietnam), dans une famille chrétienne qui a déjà connu des martyrs : tous les habitants du village de sa mère ont été brûlés dans l'église paroissiale, et son père est emprisonné en raison de sa foi. Il devient élève du petit puis du grand séminaire de Huê, avant d'être ordonné prêtre le 11 juin 1953. Après ses deux premières années de ministère pastoral, il continue à Rome ses études de droit canonique et de spiritualité (1959). Revenu à Huê, il s'engage dans la formation des prêtres, devenant professeur puis recteur du séminaire. Paul VI le nomme alors évêque du diocèse côtier de Nha Trang, le 13 avril 1967. Il est ensuite promu archevêque coadjuteur de Saigon, le 24 avril 1975, soit une semaine avant que la ville ne tombe aux mains des troupes communistes. Le nouveau pouvoir refuse sa nomination, le convoque le 15 août de cette même année, le renvoie dans son ancien diocèse où il est placé en résidence surveillée.
Treize ans : un long temps d'internement commence pour lui durant lequel il sera successivement en prison à Phu Khanh, en camp de rééducation au Nord, à Vinh Phu, en résidence surveillée à Giang Xa, puis dans les locaux de la Sûreté à Hanoi. Bien que son internement ait pris fin, le 21 novembre 1988, il est assigné à résidence dans l'archevêché de la capitale sans pouvoir rejoindre son diocèse de Hô-Chi-Minh-Ville (ex-Saigon). Lors d'un séjour à Rome en septembre 1991, les autorités vietnamiennes lui apprennent que son retour au pays " n'est pas souhaité ". Le Saint-Siège tente en vain de les faire revenir sur cette décision. En 1994, le pape le nomme vice-président du Conseil pontifical " Justice et Paix " dont il devient président le 24 juin 1998, succédant ainsi au cardinal Roger Etchegaray.
Il prêche les exercices spirituels de carême à la Curie en mars 2000. Il est créé cardinal par Jean-Paul II le 21 février 2001. Il a publié plusieurs livres de témoignages (" Le Chemin de l'espérance ", etc.).